Tập đoàn quân 41 được thành lập vào tháng 5 năm 1942, biên chế bao gồm các sư đoàn súng trường 134, 135, 179, 234, Sư đoàn súng trường Cận vệ 17, Lữ đoàn xe tăng 21, hai tiểu đoàn súng cối Cận vệ độc lập và một số đơn vị độc lập khác[1]

Từ tháng 5 đến tháng 11 năm 1942, Tập đoàn quân được tập trung bảo vệ phía Tây Nam thành phố Bely. Cuối tháng 11, Tập đoàn quân tham gia chiến dịch Rzhev (còn được gọi là "Chiến dịch Sao Hỏa"). Tập đoàn quân đội 66 đã giao chiến với Quân đoàn thiết giáp XLI Wehrmacht. Cuộc tấn công thất bại, đơn vị bị bao vây bởi Quân đoàn XXX của Đức. Đến ngày 8 tháng 12, lực lượng bên trong vòng vây bị tiêu diệt.

Vào tháng 3 năm 1943, Tập đoàn quân 41 mới được tăng cường tham gia chiến dịch Rzhev - Vyazma. Các đơn vị Đức trong khu vực Rzhev-Vyazma bị tiêu diệt.[2] Sau trận chiến, các đơn vị của Tập đoàn quân được chuyển giao cho Tập đoàn quân 39 và Tập đoàn quân 43, trong khi Tập đoàn quân 41 được chuyển đến lực lượng dự bị của STAVKA. Vào ngày 9 tháng 4 năm 1943, Tập đoàn quân bị giải tán và các đơn vị còn lại được nhâp vào biên chế Phương diện quân Dự bị.